確定申告のマイナポータル連携で情報が出ないとき｜給与・医療費・控除証明書の確認
取得できない情報を分けて、事前準備と手元の資料を確認しましょう。
マイナポータル連携を使ったものの、給与情報や医療費、保険料の証明書が表示されず、入力を進められないことがあります。
連携は便利ですが、すべての資料が必ず自動でそろうわけではありません。何の情報がないのかを分け、取得の準備や発行元を確認したうえで、手元の資料と照らし合わせましょう。
この記事は2026年分の所得税の確定申告に向けた一般的な事前準備の案内です。申告する年分の作成画面・手続は、利用時に国税庁の最新案内をご確認ください。
1．まず確認する順番
- 対象年と不足している情報を確認する。給与、医療費、保険料、寄附金などを分けます。
- マイナポータルの事前準備を確認する。利用者登録、取得したい証明書等の選択、必要なサービスとの連携を確認します。証明書等によっては設定の反映に数日かかる場合があります。
- 発行元や家族の情報を確認する。発行元の連携対応や、家族分の取得に必要な代理人登録を確認します。
- 手元の資料と照合する。取得できない情報は源泉徴収票・証明書・領収書等を確認し、対象年の画面の案内に沿って入力します。自動取得分と重複しないようにします。
2．給与の源泉徴収票が出ないとき
給与情報の取得には、マイナポータルの利用者登録・確定申告の事前準備に加え、e-Taxのマイページで「情報取得希望」の登録が必要です。
2026年分以後の給与情報は、勤務先が2027年1月1日以後に給与支払報告書をeLTAXで提出した場合も、国税庁の案内する条件を満たせば連携の対象になります。税務署への源泉徴収票のオンライン提出による対象もあります。
ただし提出方法や本人情報などの条件があり、すべての勤務先の情報を取得できるわけではありません。勤務先の提出方法は勤務先へ確認してください。連携できないときは、受け取った源泉徴収票を確認し、対象年の画面に沿って入力を進めましょう。勤務先が複数ある方は、それぞれの情報を確認します。
3．医療費が全部表示されないとき
取得した医療費情報と、手元の領収書・医療費通知を照らし合わせます。国税庁の2025年分の案内では、医療費通知に含まれない一部の保険診療分や、自由診療・薬局で購入した医薬品等は、領収書等に基づく入力を案内しています。対象となるか、支払った年や保険金等による補てんの有無も確認してください。
家族分を連携で取得するには、事前の代理人登録が必要です。登録できたことと、申告する方の控除対象として含められることは別に確認しましょう。同じ医療費を連携情報と領収書の両方から重ねて入力しないことも大切です。
家族の医療費控除を確認する ／ 医療費控除の明細書の書き方を見る
保存が必要な書類と期間は、提出方法や利用した情報に応じて確認します。参考：国税庁 医療費控除に関する手続
4．保険料や寄附金の証明書が出ないとき
発行元がマイナポータル連携に対応しているか、必要なサービスとの連携が済んでいるか、対象年の証明書が発行されているかを確認します。家族分を取得する場合は代理人登録も確認します。
連携できない場合は、手元の証明書等と対象年の入力画面の案内を確認してください。年末調整済みの控除について、連携データを使って同じ内容を重ねて入力しないよう注意しましょう。
ふるさと納税については、確定申告をする場合、ワンストップ特例を申請した寄附も含めて申告内容を確認します。医療費控除とふるさと納税の注意点を見る
5．申告前後に確認すること
連携後は、取得した内容が対象年・本人・金額と一致するかを確認します。入力が終わったら申告書の内容を見直し、e-Taxで送信した場合は受信通知を確認します。納める税金がある場合は、申告書の送信とは別に納付方法と期限も確認します。
準備から提出・納付までの全体の流れは、確定申告を自分で進める7つの手順をご覧ください。無料の準備チェックリストも利用できます。
迷う点だけの相談・申告のご依頼
自分で進めていて判断に迷う点だけ相談することも、申告を依頼することもできます。内容と資料の状況を伺い、依頼範囲と料金を事前にご案内します。
確定申告の料金・対応範囲を見る確定申告について相談する根拠・参考資料
- 国税庁 2026年分の確定申告とマイナポータル連携
- 国税庁 給与所得の確定申告（利用者用）
- e-Tax マイナポータル連携の事前準備
- 国税庁 No.1119 医療費控除に関する手続（所得税法第73条・第120条、所得税法施行規則第47条の2）
- e-Tax 送信データの受信確認
